Sekretariat Inspektorat Jenderal mempunyai tugas pokok :
1. Pelaksanaan koordinasi dan penyusunan rencana dan program kerja pengawasan, serta pelaporan;
2. Pelaksanaan analisis laporan hasil pengawasan;
3. Pelaksanaan pemantauan tindak lanjut hasil pengawasan;
4. Pengelolaan urusan kepegawaian, keuangan, organisasi dan tata laksana;dan
5. Pengelolaan urusan tata usaha dan rumah tangga Inspektorat Jenderal.